施琅在收复台湾的过程中，还多次得到妈祖神助。康熙二十一年十二月二十六日，施琅夜间率军启航向台湾进发。船行一日一夜，仅到乌蚯洋，因无风鼓帆，只好返回平海。未到澳忽遇大风骤起，巨浪滔天，船只随涛飘荡外洋，天水森茫，断定十无一存。次日风定，差船寻觅，及到湄洲澳中，见大船小舟，尽在澳中，人船无损，且喜且骇，如此风波，安得两全，军人报道：“昨夜风波之中，我等原想必为鱼腹中物，无意中见船头有灯笼火光，似有人挽揽至此，皆天后默佑之力也。”施琅于康熙二十二年正月初四，亲率各镇营将领，齐赴湄洲祖庙致谢，遍观庙宇，捐金帛，雇工匠，估价买料，重修梳妆楼、朝天阁，以谢惠灵!
