我国的漕运由河运改海运是在元朝开始。凡漕运之船，主漕官员依例在启航前应往天妃宫祭祀，祈祷天妃神佑，方可开船。元文宗天历二年(1329年)，有一位主持漕运的官员，不顾漕运之例及船工的劝告，未祭天妃，便下令开船。结果，漕船在海上遇上大风，漕船之一半，翻沉海上，人亡粮失，前所未有，皇帝闻讯，大为震惊，不但将漕官撤职查办，并诏命翰林院太监宋本，至漕运沿途各庙祭祀谢罪。从此，朝廷规定，漕运业祭祀天妃，为国家级祀典。元朝还指定沿海十八座天妃庙，为国家祀典之庙宇，每年派官依制祭典，违者必究。这十八座庙宇为湄洲祖庙以及天津、绍兴、淮安、温州、苏州、昆山、泰仓、杭州、宁波、台州、福州、泉州、南平、莆田白湖等地的庙宇。
